يعتبر قسم التشغيل المحرك الأساسي للشركة وشريانها الرئيسي الذي يمدها بالإنتاجية العالية والهدف المنشود، وهو على جزأين الأول تشغيلي ويهتم بتدوير المعدات وتشغيلها واستخراج أكبر منفعة ممكنة من المدخلات عليها وجزء آخر مهم جدا وهو الصيانة والاستمرارية عليها بصورة دورية بحيث يتم ضمان المعدة أو الآلة واستمراريتها في العمل والإنتاج.

تعتبر إدارة المبيعات إحدى الإدارات الرئيسة والفاعلة في شركة الشرق الأوسط لحماية البيئة، وهي بمثابة الشريان الأساسي للشركة، حيث يناط بها الآتي:

اعتمدت شركة الشرق الأوسط لحماية البيئة أهدافاً وإستراتيجية متطورة وحلول متكاملة لمشاريع إدارة النفايات البلدية الصلبة، سعياً منها للحفاظ على البيئة والاستفادة من المواد القابلة للتدوير، والتي تؤدي إلى رفع كفاءة إنتاجية المشاريع الصناعية، وكذلك لفتح آفاق اقتصادية جديدة. تتضمن هذه الإستراتيجية عدة محاور يمكن تطبيقها لإيجاد الحلول المتكاملة للتخلص من النفايات وبالتعاون مع القطاع الحكومي.